Genomic sequence analysis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 and search for possible medicines_West China Medical Journal

Authors：

SU Jialuo ^1,2 , WANG Kanghong ³ ,  DU Chenglin ¹

1. Institute of Materia Medica, Shandong First Medical University & Shandong Academy of Medical Sciences, Jinan, Shandong 250062, P. R. China;
2. School of Medicine and Life Sciences, University of Jinan, Jinan, Shandong 250000, P. R. China;
3. College of Life and Ocean Science, Shenzhen University, Shenzhen, Guangdong 518060, P. R. China;

Corresponding?author：

DU Chenglin, Email: 371924408@qq.com

Keywords：

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2; Sequence analysis; Genome; Possible medicines

DOI：

10.7507/1002-0179.202002054

Video：

Export PDF Favorites Scan Get Citation

Abstract Full text Figures/Tables Video References Cited by

The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 is characterized by a long incubation period, strong infectivity and general susceptibility to the population. At present, there are no specific medicines that can treat coronavirus disease 2019. In order to increase the understanding of the molecular biology of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 and try to find effective treatments, we used SnapGene Viewer to analyze the genomic sequences of five strains of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 that published by National Genomics Data Center. The results showed that the genome length of this virus was about 29.8 kb and twelve open reading frames were predicted, and five nucleotide change sites were found in the open reading frames. In addition, we analyzed drugs used during the outbreak of severe acute respiratory syndrome, current drugs for the treatment of coronavirus disease 2019 and other possible drugs, to find some possible medicines with clinical treatment effects.

Citation： SU Jialuo, WANG Kanghong, DU Chenglin. Genomic sequence analysis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 and search for possible medicines. West China Medical Journal, 2020, 35(3): 269-273. doi: 10.7507/1002-0179.202002054 Copy

1.	World Health Organization. Clinical management of severe acute respiratory infection when novel coronavirus (nCoV) infection is suspected. (2020-01-28)[2020-02-26]. https://www.who.int/publications-detail/clinical-management-of-severe-acute-respiratory-infection-when-novel-coronavirus-(ncov)-infection-is-suspected.
2.	World Health Organization. WHO Director-General’s remarks at the media briefing on 2019-nCoV on 11 February 2020. (2020-02-11)[2020-02-26]. https://www.who.int/zh/dg/speeches/detail/who-director-general-s-remarks-at-the-media-briefing-on-2019-ncov-on-11-february-2020.
3.	田明明, 魏雪玲, 楊興, 等. 云南新現蝙蝠SARS樣冠狀病毒密碼子偏性及其聚類分析. 中國人獸共患病學報, 2018, 34(12): 1079-1086.
4.	耿興義, 張濟, 賈堂宏, 等. 中東呼吸綜合征最新研究進展. 山東大學學報(醫學版), 2014, 52(7): 106-108.
5.	Wang C, Horby PW, Hayden FG, et al. A novel coronavirus outbreak of global health concern. Lancet, 2020, 395(10223): 470-473.
6.	中華人民共和國國家衛生健康委員會. 截至2月20日24時新型冠狀病毒肺炎疫情最新情況. (2020-02-21)[2020-02-26]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/yqtb/202002/ac1e98495cb04d36b0d0a4e1e7fab545.shtml.
7.	陳一凡, 曹廣文. 全國新型冠狀病毒肺炎發病趨勢初步分析. 上海預防醫學. (2020-02-19)[2020-02-20]. https://doi.org/10.19428/j.cnki.sjpm.2020.20053.
8.	Wu JT, Leung K, Leung GM. Nowcasting and forecasting the potential domestic and international spread of the 2019-nCoV outbreak originating in Wuhan, China: a modelling study. Lancet. (2020-01-31)[2020-02-20]. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30260-9.
9.	Lu R, Zhao X, Li J, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet, 2020, 395(10224): 565-574.
10.	付洋波, 胡勇, 黃成成, 等. MERS冠狀病毒核衣殼蛋白原核表達和純化. 軍事醫學, 2015, 39(12): 919-922.
11.	胡星星, 邱泊寧, 遲航, 等. MERS-CoV S1蛋白的表達及鑒定. 中國病原生物學雜志, 2018, 13(4): 336-340.
12.	宋倩倩, 王文玲, 詹瑛, 等. 真核表達MERS-CoV刺突蛋白亞單位的信號肽序列優化研究. 病毒學報, 2019, 35(1): 20-26.
13.	鄭尚永, 楊俊旺, 熊清平. SARS病毒S2蛋白基因重組腺病毒的構建與分析. 江蘇農業學報, 2011, 27(6): 1216-1221.
14.	錢超, 余建華, 吳文靜. SARS病毒M蛋白真核表達載體的構建與表達. 國際檢驗醫學雜志, 2012, 33(6): 650-651, 653.
15.	鄭尚永, 潘衛慶. SARS病毒S蛋白S1和S2片段的合成及在大腸桿菌中的表達. 安徽農業科學, 2011, 39(20): 12208-12211.
16.	馬建, 賀鵬飛, 趙晨燕, 等. SARS和MERS中和抗體假病毒檢測方法的建立. 病毒學報, 2019, 35(2): 189-195.
17.	阮紅梅, 張健之. 中東呼吸綜合征冠狀病毒(MERS-CoV)的研究進展. 中國人獸共患病學報, 2014, 30(8): 848-854.
18.	吳家兵, 黃永, 龔磊. 中東呼吸綜合征流行病學研究進展. 安徽預防醫學雜志, 2014, 20(4): 274-278.
19.	陳嘉源, 施勁松, 丘棟安, 等. 2019新型冠狀病毒基因組的生物信息學分析. 生物信息學. (2020-01-21)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/23.1513.q.20200120.0839.002.html.
20.	華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院救治醫療專家組. 新型冠狀病毒感染的肺炎診療快速指南(第三版). 醫藥導報. (2020-01-30)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/42.1293.r.20200130.1803.002.html.
21.	國家衛生健康委辦公廳, 國家中醫藥管理局辦公室. 關于印發新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第三版)的通知. (2020-01-23)[2020-02-20]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202001/f492c9153ea9437bb587ce2ffcbee1fa.shtml.
22.	國家衛生健康委辦公廳, 國家中醫藥管理局辦公室. 關于印發新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第四版)的通知. (2020-01-27)[2020-02-20]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202001/4294563ed35b43209b31739bd0785e67.shtml.
23.	國家衛生健康委辦公廳, 國家中醫藥管理局辦公室. 關于印發新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第五版)的通知. (2020-02-05)[2020-02-20]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202002/3b09b894ac9b4204a79db5b8912d4440.shtml.
24.	國家衛生健康委辦公廳, 國家中醫藥管理局辦公室. 關于印發新型冠狀病毒肺炎診療方案(試行第六版)的通知. (2020-02-19)[2020-02-20]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202002/8334a8326dd94d329df351d7da8aefc2.shtml.
25.	李洋, 趙立. 阿比多爾抗呼吸道病毒的藥理作用與體外和體內療效研究現狀. 中國臨床藥理學雜志, 2019, 35(17): 1964-1968.
26.	姚亞敏, 沐俊, 孫驥, 等. 洛匹那韋藥代動力學的研究進展. 藥學實踐雜志, 2012, 30(5): 336-339.
27.	楊宇東, 孫莉, 陳忠斌. SARS冠狀病毒PLpro蛋白酶的結構與功能. 中國生物化學與分子生物學報, 2010, 26(1): 15-21.
28.	童國珍, 單玉飛, 丁建芳, 等. SARS冠狀病毒3CL蛋白酶多克隆抗體的制備及純化. 浙江理工大學學報, 2008, 25(5): 543-546.
29.	王憲波, 劉景院, 王曉靜, 等. 新型冠狀病毒肺炎診治實踐與體會. 北京中醫藥. (2020-02-20)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/11.5635.R.20200219.2120.004.html.
30.	張俠, 李柳, 戴廣川, 等. 南京地區42例新型冠狀病毒肺炎臨床特征及中醫證候初探. 南京中醫藥大學學報. (2020-02-19)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/32.1247.r.20200219.0801.002.html.
31.	庹虎, 劉芳, 王軍陵, 等. 兒童新型冠狀病毒感染的臨床特征及家庭防控. 武漢大學學報(醫學版). (2020-02-19)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/42.1677.R.20200219.0907.001.html.
32.	中華醫學會, 中華中醫藥學會. 傳染性非典型肺炎(SARS)診療方案(續). 現代實用醫學, 2004, 16(3): 172-183.
33.	中華醫學會, 中華中醫藥學會. 傳染性非典型肺炎(SARS)診療方案. 現代實用醫學, 2004, 16(2): 119-126.
34.	秦川. SARS-CoV致肺損傷動物模型及其病理機制研究. 石家莊: 河北醫科大學, 2006.
35.	王偉良, 鄭宏, 王雪濤, 等. 糖皮質激素在SARS治療中的應用體會. 中國藥學雜志, 2006, 41(12): 956-957.
36.	賈衛東, 鄧西龍, 唐小平, 等. SARS治療中糖皮質激素應用劑量的探討. 南方醫科大學學報, 2009, 29(11): 2284-2287.
37.	王倩, 張潔. SARS治療中應用糖皮質激素的不良反應. 天津藥學, 2005, 17(4): 56-59.
38.	司鴿, 施桂蘭. 糖皮質激素治療傳染性非典型肺炎的研究進展. 醫學綜述, 2005, 11(9): 831-833.
39.	李光偉. SARS治療中應用糖皮質激素致糖尿危險應予以重視. 中華內分泌代謝雜志, 2004, 20(1): 1-2.
40.	蕭建中, 馬麗, 高捷, 等. 超大劑量糖皮質激素治療重癥急性呼吸綜合征致糖尿病的風險和對策. 中華內科雜志, 2004, 43(3): 179-182.
41.	王武, 張雪哲, 盧延, 等. MRI觀察SARS患者激素治療后骨缺血性壞死改變. 中華放射學雜志, 2004, 38(3): 236-239.
42.	沈君, 梁碧玲, 曾慶思, 等. 廣州市傳染性非典型肺炎康復者骨壞死MRI普查初步報告. 中華醫學雜志, 2004(21): 1814-1817.

1. World Health Organization. Clinical management of severe acute respiratory infection when novel coronavirus (nCoV) infection is suspected. (2020-01-28)[2020-02-26]. https://www.who.int/publications-detail/clinical-management-of-severe-acute-respiratory-infection-when-novel-coronavirus-(ncov)-infection-is-suspected.
2. World Health Organization. WHO Director-General’s remarks at the media briefing on 2019-nCoV on 11 February 2020. (2020-02-11)[2020-02-26]. https://www.who.int/zh/dg/speeches/detail/who-director-general-s-remarks-at-the-media-briefing-on-2019-ncov-on-11-february-2020.
3. 田明明, 魏雪玲, 楊興, 等. 云南新現蝙蝠SARS樣冠狀病毒密碼子偏性及其聚類分析. 中國人獸共患病學報, 2018, 34(12): 1079-1086.
4. 耿興義, 張濟, 賈堂宏, 等. 中東呼吸綜合征最新研究進展. 山東大學學報(醫學版), 2014, 52(7): 106-108.
5. Wang C, Horby PW, Hayden FG, et al. A novel coronavirus outbreak of global health concern. Lancet, 2020, 395(10223): 470-473.
6. 中華人民共和國國家衛生健康委員會. 截至2月20日24時新型冠狀病毒肺炎疫情最新情況. (2020-02-21)[2020-02-26]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/yqtb/202002/ac1e98495cb04d36b0d0a4e1e7fab545.shtml.
7. 陳一凡, 曹廣文. 全國新型冠狀病毒肺炎發病趨勢初步分析. 上海預防醫學. (2020-02-19)[2020-02-20]. https://doi.org/10.19428/j.cnki.sjpm.2020.20053.
8. Wu JT, Leung K, Leung GM. Nowcasting and forecasting the potential domestic and international spread of the 2019-nCoV outbreak originating in Wuhan, China: a modelling study. Lancet. (2020-01-31)[2020-02-20]. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30260-9.
9. Lu R, Zhao X, Li J, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet, 2020, 395(10224): 565-574.
10. 付洋波, 胡勇, 黃成成, 等. MERS冠狀病毒核衣殼蛋白原核表達和純化. 軍事醫學, 2015, 39(12): 919-922.
11. 胡星星, 邱泊寧, 遲航, 等. MERS-CoV S1蛋白的表達及鑒定. 中國病原生物學雜志, 2018, 13(4): 336-340.
12. 宋倩倩, 王文玲, 詹瑛, 等. 真核表達MERS-CoV刺突蛋白亞單位的信號肽序列優化研究. 病毒學報, 2019, 35(1): 20-26.
13. 鄭尚永, 楊俊旺, 熊清平. SARS病毒S2蛋白基因重組腺病毒的構建與分析. 江蘇農業學報, 2011, 27(6): 1216-1221.
14. 錢超, 余建華, 吳文靜. SARS病毒M蛋白真核表達載體的構建與表達. 國際檢驗醫學雜志, 2012, 33(6): 650-651, 653.
15. 鄭尚永, 潘衛慶. SARS病毒S蛋白S1和S2片段的合成及在大腸桿菌中的表達. 安徽農業科學, 2011, 39(20): 12208-12211.
16. 馬建, 賀鵬飛, 趙晨燕, 等. SARS和MERS中和抗體假病毒檢測方法的建立. 病毒學報, 2019, 35(2): 189-195.
17. 阮紅梅, 張健之. 中東呼吸綜合征冠狀病毒(MERS-CoV)的研究進展. 中國人獸共患病學報, 2014, 30(8): 848-854.
18. 吳家兵, 黃永, 龔磊. 中東呼吸綜合征流行病學研究進展. 安徽預防醫學雜志, 2014, 20(4): 274-278.
19. 陳嘉源, 施勁松, 丘棟安, 等. 2019新型冠狀病毒基因組的生物信息學分析. 生物信息學. (2020-01-21)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/23.1513.q.20200120.0839.002.html.
20. 華中科技大學同濟醫學院附屬同濟醫院救治醫療專家組. 新型冠狀病毒感染的肺炎診療快速指南(第三版). 醫藥導報. (2020-01-30)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/42.1293.r.20200130.1803.002.html.
21. 國家衛生健康委辦公廳, 國家中醫藥管理局辦公室. 關于印發新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第三版)的通知. (2020-01-23)[2020-02-20]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202001/f492c9153ea9437bb587ce2ffcbee1fa.shtml.
22. 國家衛生健康委辦公廳, 國家中醫藥管理局辦公室. 關于印發新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第四版)的通知. (2020-01-27)[2020-02-20]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202001/4294563ed35b43209b31739bd0785e67.shtml.
23. 國家衛生健康委辦公廳, 國家中醫藥管理局辦公室. 關于印發新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第五版)的通知. (2020-02-05)[2020-02-20]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202002/3b09b894ac9b4204a79db5b8912d4440.shtml.
24. 國家衛生健康委辦公廳, 國家中醫藥管理局辦公室. 關于印發新型冠狀病毒肺炎診療方案(試行第六版)的通知. (2020-02-19)[2020-02-20]. http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202002/8334a8326dd94d329df351d7da8aefc2.shtml.
25. 李洋, 趙立. 阿比多爾抗呼吸道病毒的藥理作用與體外和體內療效研究現狀. 中國臨床藥理學雜志, 2019, 35(17): 1964-1968.
26. 姚亞敏, 沐俊, 孫驥, 等. 洛匹那韋藥代動力學的研究進展. 藥學實踐雜志, 2012, 30(5): 336-339.
27. 楊宇東, 孫莉, 陳忠斌. SARS冠狀病毒PLpro蛋白酶的結構與功能. 中國生物化學與分子生物學報, 2010, 26(1): 15-21.
28. 童國珍, 單玉飛, 丁建芳, 等. SARS冠狀病毒3CL蛋白酶多克隆抗體的制備及純化. 浙江理工大學學報, 2008, 25(5): 543-546.
29. 王憲波, 劉景院, 王曉靜, 等. 新型冠狀病毒肺炎診治實踐與體會. 北京中醫藥. (2020-02-20)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/11.5635.R.20200219.2120.004.html.
30. 張俠, 李柳, 戴廣川, 等. 南京地區42例新型冠狀病毒肺炎臨床特征及中醫證候初探. 南京中醫藥大學學報. (2020-02-19)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/32.1247.r.20200219.0801.002.html.
31. 庹虎, 劉芳, 王軍陵, 等. 兒童新型冠狀病毒感染的臨床特征及家庭防控. 武漢大學學報(醫學版). (2020-02-19)[2020-02-20]. http://kns.cnki.net/kcms/detail/42.1677.R.20200219.0907.001.html.
32. 中華醫學會, 中華中醫藥學會. 傳染性非典型肺炎(SARS)診療方案(續). 現代實用醫學, 2004, 16(3): 172-183.
33. 中華醫學會, 中華中醫藥學會. 傳染性非典型肺炎(SARS)診療方案. 現代實用醫學, 2004, 16(2): 119-126.
34. 秦川. SARS-CoV致肺損傷動物模型及其病理機制研究. 石家莊: 河北醫科大學, 2006.
35. 王偉良, 鄭宏, 王雪濤, 等. 糖皮質激素在SARS治療中的應用體會. 中國藥學雜志, 2006, 41(12): 956-957.
36. 賈衛東, 鄧西龍, 唐小平, 等. SARS治療中糖皮質激素應用劑量的探討. 南方醫科大學學報, 2009, 29(11): 2284-2287.
37. 王倩, 張潔. SARS治療中應用糖皮質激素的不良反應. 天津藥學, 2005, 17(4): 56-59.
38. 司鴿, 施桂蘭. 糖皮質激素治療傳染性非典型肺炎的研究進展. 醫學綜述, 2005, 11(9): 831-833.
39. 李光偉. SARS治療中應用糖皮質激素致糖尿危險應予以重視. 中華內分泌代謝雜志, 2004, 20(1): 1-2.
40. 蕭建中, 馬麗, 高捷, 等. 超大劑量糖皮質激素治療重癥急性呼吸綜合征致糖尿病的風險和對策. 中華內科雜志, 2004, 43(3): 179-182.
41. 王武, 張雪哲, 盧延, 等. MRI觀察SARS患者激素治療后骨缺血性壞死改變. 中華放射學雜志, 2004, 38(3): 236-239.
42. 沈君, 梁碧玲, 曾慶思, 等. 廣州市傳染性非典型肺炎康復者骨壞死MRI普查初步報告. 中華醫學雜志, 2004(21): 1814-1817.

West China Medical Journal

Genomic sequence analysis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 and search for possible medicines

Abstract Full text Figures/Tables Video References Cited by

Previous Article

Next Article

Format

Content