目的 探討通過線粒體 DNA (mtDNA) D-Loop 區序列分析鑒別多結節性肝細胞性肝癌（肝癌）細胞克隆起源的可行性。方法 實驗組為多結節肝癌組，標本來自廣西醫科大學第一附屬醫院肝膽外科2004年4月至2007年8月期間連續收治的42例共112個結節性HCC行根治性手術切除的腫瘤組織。對照組來自同期單結節HCC手術切除組織共20例40個樣本，分2個亞組，對照組Ⅰ為16例單結節肝癌的2塊不相鄰的癌組織；對照組Ⅱ為4例伴有肉眼門靜脈癌栓的肝癌患者，取癌組織和癌栓各1塊； 正常對照組來自同期肝移植供肝或肝外傷切除的肝組織共5例。用PCR結合直接測序的方法檢測各樣本組織mtDNA D-Loop 區的序列，并分析各例癌結節中序列異同情況。結果 在42例實驗組標本中，共有131個位點發生堿基變異，其中15個位點為點突變，9個位點發生插入，16個位點發生缺失，共出現98個多態性變化，位點總變異率為11.7%（131/1 122，1 122為mtDNA D-Loop 區全長）； 實驗組中有20例各結節的mtDNA D-Loop 區序列存在差異，可能為多中心（MO）起源，22例各結節的mtDNA D-Loop 區序列完全相同，可能為單中心（即肝內轉移，IM）起源。對照組20例中各樣本的mtDNA D-Loop 區序列完全相同，為相同細胞克隆起源。正常對照組中共有14個位點發生堿基變異，均為多態性，其中NT 479 Agt;G為新的多態性。結論 mtDNA D-Loop區序列具有較高的變異率，應用PCR結合直接測序的方法檢測該區序列并比較各個癌結節的DNA序列異同，可以快速、簡單、有效地為區分IM和MO起源提供參考。